La micologia (in greco: mýkes=fungo e logos=insegnamento) si riferisce alla scienza dei funghi. Il termine è stato coniato da Christian Hendrik Persoon ed è emerso nel XVIII secolo. Presto divenne popolare tra i biologi come termine per la scienza dei funghi.
I funghi appartengono a diversi dipartimenti come i funghi sac (Ascomycota), i funghi basidi (Basidiomycota), i funghi yoke (Zygomycota), i funghi vasino (Chytridiomycota) e i funghi micorrizici arbuscolari (Glomeromycota). Ci sono anche gruppi non sistematici come lieviti e muffe.
Tradizionalmente, i micologi si occupano spesso anche di muffe melmose (Myxomycota) e funghi uovo (Oomycota), che ora non sono più contati tra i funghi ma tra i protisti.
La branca della micologia economicamente più importante e ad alta intensità di ricerca è il ruolo dei funghi come agenti patogeni nelle piante. A causa della lunga coevoluzione di funghi e piante, si sono sviluppate pericolose malattie fungine che possono distruggere le monocolture di piante coltivate, come funghi o ruggine. Qui, i micologi esaminano i meccanismi di infezione e le strategie di controllo della ricerca.